Come già accennato la composizione molecolare e la formula bruta dei composti natural-identici sono uguali a quelle degli aromi ricavati dalla natura. Tuttavia la formula chimica tradizionale e il numero atomico sono solo un'approssimazione, e non sono bastevoli ad indicare tutte le caratteristiche di un composto.
Infatti fra le due tipologie di molecole è presente una piccola differenza strutturale: ad un'attenta analisi di laboratorio è possibile distinguerle in quanto caratterizzate da una diversa composizione isotopica. Ciò determina non soltanto proprietà fisiche differenti ( temperatura/entalpia di transizione, composizione delle impurezze, stato magnetico del nucleo ecc..) ma anche una diversa reattività chimica.
Nel caso degli aromi artificiali questa differenza è ancora più evidente: si tratta di molecole che, pur prodotte sempre da processi di sintesi, non hanno equivalenti in natura, riproducendo solo le caratteristiche organolettiche dei composti naturali. Quindi, oltre alla struttura molecolare, anche la formula bruta è molto diversa: possiamo qui riprendere l'esempio degli aromi di vaniglia.
A partire dalla sintesi della Vanillina, i chimici e flavourist hanno scoperto ( già nel secolo scorso ) il modo di modificare leggermente la composizione strutturale di tale molecola ottenendone una simile, l' Etil-vanillina. Si tratta quindi di un composto artificiale, non presente in natura, che però riproduce esattamente l'aroma di vaniglia, potenziandone il gusto di ben 3-4 volte.
La struttura e la formula bruta sono simili ma comunque diverse:
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